Crean una herramienta para predecir el impacto de las mutaciones del SARS-CoV-2

Barcelona, ​​España).- Científicos de varios países han desarrollado una nueva herramienta en línea que permite predecir el impacto de las mutaciones del SARS-CoV-2 y ver los movimientos de las proteínas que forman parte del virus que causa el COVID-19 en tres dimensiones.

Según la investigadora del Instituto de Investigaciones Médicas Hospital del Mar (IMIM) -Hospital del Mar en Barcelona (este de España) Jana Selent, esta nueva herramienta basada en una base de datos llamada SCov2-MD, «ayuda a los investigadores a comprender cómo funciona el virus y a desarrollar nuevos tratamientos y vacunas ».

La nueva base de datos permite obtener información con un detalle sin precedentes sobre su estructura y funcionamiento.

Además de predecir su evolución a través de las distintas mutaciones que sufre y seguirá siendo afectado por el virus.

Una herramienta en línea disponible para todos los investigadores en la web www.scov2-md.org.

Proporciona una gran cantidad de simulaciones de la función de proteínas y recursos de virus para predecir cómo puede cambiar su función.

Lo mismo ocurre con las mutaciones que pueden ocurrir en la estructura de este corovirus.

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Motores de la iniciativa de transformación del SARS-CoV-2

Los promotores del proyecto utilizaron más de 360 ​​gigabytes de datos para completarlo y aseguraron que es la única base de datos creada hasta la fecha que combina simulaciones de proteínas con datos de mutaciones para estudiar el SARS-CoV-2.

La base de datos SCoV2-MD contiene información detallada, a nivel atómico, dinámico y tridimensional, de todas las proteínas con una estructura tridimensional conocida de este coronavirus.

En total, contiene 360 ​​gigabytes de datos sobre la mayoría de las 29 proteínas involucradas: cuatro estructuradas, dieciséis no estructuradas y nueve componentes.

Las proteínas son moléculas fundamentales en la función celular y en el caso del SARS-CoV-2 son las responsables de su capacidad para infectar y propagar al ser humano, como la llamada proteína de las especias, que es la corona característica que da nombre a la especie. ese virus.

Disponible para todos los investigadores

Según sus autores, es una de las herramientas más poderosas creadas hasta la fecha para combinar simulaciones de estructura tridimensional de proteínas con datos sobre mutaciones en el virus responsable del covid-19, y está disponible para cualquier investigador, en línea y gratis. .

Al vincular, sin el uso de ninguna aplicación específica, pueden ver la estructura de las proteínas del SARS-CoV-2 a nivel atómico.

Gracias al análisis de los creadores de la base de datos a partir de la información generada por ellos y de la información disponible en los repositorios públicos.

Para ello, utilizaron herramientas de simulación por ordenador de dinámica molecular, que permiten predecir cómo actuará cada átomo de la proteína según las leyes de la física, con el fin de construir un modelo tridimensional del comportamiento de esta molécula.

Las simulaciones acumulativas, 252 en total, analizan los efectos de las mutaciones conocidas del coronavirus en las proteínas.

“Lo que es realmente nuevo es que usamos datos dinámicos junto con la evolución del virus para predecir su impacto en la función de las proteínas”, explicó Selent.

“Aparte de las simulaciones del transporte de proteínas, la información disponible sobre la genética del virus se ha utilizado para calcular y predecir el impacto de las mutaciones”, dijo el investigador Toni Giorgino, coautor del trabajo.

Según los autores, SCoV2-MD es una herramienta útil para visualizar cómo estas mutaciones del SARS-CoV-2 afectan su capacidad para transmitir e infectar células humanas a través de cambios en sus proteínas.

“Al observar las simulaciones podemos ver y comprender cómo se comporta, cómo funciona y qué partes de la estructura de la proteína son objetivos importantes y potenciales para nuevos tratamientos”, dijo Mariona Torrens-Fontanals, investigadora del IMIM-Hospital del Mar.

Según Torrens-Fontanals, incluso facilita la posibilidad de predecir si las mutaciones del coronavirus pueden afectar la capacidad de los anticuerpos contenidos en las vacunas covid-19 para identificar el virus y activar el sistema inmunológico.

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