Variantes de COVID encontradas en aguas residuales semanas antes de aparecer en las pruebas

Investigadores en California han eliminado la gran cantidad de datos de los desechos del inodoro. Por primera vez, los científicos pudieron detectar variantes específicas de SARS-CoV-2 en aguas residuales semanas antes de que aparecieran en las clínicas de prueba.

Los datos de aguas residuales rastrearon «ola tras ola de diferentes virus», cube Rob Knight, microbiólogo de la Universidad de California, San Diego (UCSD), y coautor del estudio, que se publicó en naturaleza el 7 de julio. Knight cube que la técnica eventualmente podría usarse para rastrear variantes emergentes y acelerar la respuesta de salud pública. “Cuando llegue la próxima cepa, estaremos listos para ella”.

Grupos de investigación de todo el mundo han utilizado vigilancia de aguas residuales para rastrear el SARS-CoV-2, pero estos enfoques generalmente detectan solo la presencia y la cantidad del virus. Esto luego se usó para estimar la cantidad de transmisión en una comunidad. Pero los esfuerzos para identificar qué variantes circulaban y qué tan frecuentes eran se han visto plagados de datos de baja calidad.

Para superar esto, el equipo de California desarrolló un método que utiliza nanoesferas para aumentar la cantidad de ARN viral que se puede secuenciar a partir de una muestra de aguas residuales. Las técnicas anteriores permitieron a los científicos secuenciar no más del 40 % del ARN viral en una muestra, mientras que el método de nanoesferas permitió a los investigadores secuenciar casi el 95 %. El equipo de California también desarrolló una herramienta, llamada Freyja, para identificar las variantes presentes en cada muestra y su abundancia relativa.

Muestras de aguas residuales

Para probar sus métodos, los científicos pasaron casi un año recolectando muestras de una planta de tratamiento de aguas residuales en San Diego que trata las aguas residuales de alrededor de 2,3 millones de personas. La recopilación de datos comenzó en febrero de 2021. También recolectaron aguas residuales de pozos de mantenimiento y tuberías de aguas residuales en más de 130 sitios en el campus de UCSD durante 10 meses.

Los investigadores detectaron las variantes alfa y delta del coronavirus en las aguas residuales hasta dos semanas antes de que las cepas fueran detectadas mediante muestras y pruebas a personas en clínicas. También detectaron Omicron aproximadamente diez días antes de que la primera persona diera positivo en San Diego, y rastrearon el aumento de la variante BA.1 de Omicron en la población.

En el campus de UCSD, los investigadores detectaron constantemente Alpha, Delta y una variante menos conocida, Epsilon, que se encontraba principalmente en los Estados Unidos. Esto fue sorprendente porque hubo semanas durante las cuales esas variantes casi habían desaparecido de la vigilancia clínica, cube el coautor Joshua Levy, matemático aplicado del Instituto de Investigación Scripps en La Jolla, California.

Pero aún no está claro si la técnica funcionará para rastrear el Omicron de rápida propagación. Variantes BA.4 y BA.5que ha sido difícil de distinguir entre sí, cube Ana Maria de Roda Husman, investigadora de enfermedades infecciosas en el Instituto Nacional de Salud Pública y Medio Ambiente de los Países Bajos en Bilthoven.

Y la perspectiva de un sistema de alerta temprana para variantes específicas aún podría estar lejos, cube Phong Thai, científico ambiental de la Universidad de Queensland en Brisbane, Australia, dado que lleva cerca de dos semanas procesar los resultados después de recopilar la muestra. “Si desea hacer que una herramienta sea realmente útil para la salud pública, tiene que devolver el resultado en cuestión de días”, cube Thai.

Pero Knight cube que el equipo ha logrado acortar el tiempo que lleva secuenciar las muestras, de semanas a días, lo que es un «cambio de juego».

Este artículo se reproduce con permiso y fue publicado por primera vez el 8 de julio de 2022.